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Hein Mehrkens wuchs in einer alteingesessener Altländer Familie in Twielenfleth auf. Von 1968 bis zu seinem Tod lebte er in Jork.
Der Familientradition folgend, fuhr er ab 1963 zur See und durchlief als Nautiker einen Werdegang bis zum Kapitän und Reedereiinspektor.
Ab dem 15. Januar 1981 war er als Elblotse tätig in dritter Generation.  Neben seinen Lotsungen wurde er in zahlreichen Funktionen für die Lotsenbrüderschaft Elbe tätig und schließlich von 1991 bis 1999 Ältermann der Brüderschaft.
Seit 1999 war er Vorsitzender der Bundeslotsenkammer und 2002 wählte man ihn zum Präsidenten der International Maritime Pilots Association, eine Position, die er bis zu seinem Tode innehatte.
Weltweit in Fachkreisen hoch angesehen, war Mehrkens eine der wichtigsten Größen des nationalen sowie internationalen Lotsenwesens.
Außerdem war Hein Mehrkens von 1988 bis 2005 als Schiedsmann der Gemeinde Jork tätig.